Di antichissime origini, l'etimologia del suo toponimo, secondo molti storici, si dovrebbe far risalire ai tre accampamenti romani (trium castrorum) ubicati in questo territorio; altri lo collegano a Alfio, Filadelfo e Cirino, i martiri cristiani che avrebbero sostato qui nel 253 d. C, nel corso del loro viaggio verso Lentini. Il territorio fu abitato dai Sicani, come ci tramanda Diodoro Siculo, ai quali si sostituirono i Siculi. Certa è anche la presenza dei Greci e dei Romani, quest'ultima confermata dai ritrovamenti archeologici nella zona del mulino. L'iscrizione dell'antica campana di Santa Maria della Misericordia attesta un assetto urbano ben delineato già nel 1302. Fu uno dei paesi che si ribellò al potere angioino, organizzando un piccolo esercito, insieme ad alcuni paesi vicini, e battendo i francesi che, in seguito a questo episodio, abbandonarono il progetto di conquista. Amministrato dal Senato di Catania fino al 1640, passò, nel 1649, ai Don Giovanni e nel '700 venne ceduto agli Alliata. I trecastagnesi ebbero un ruolo importantissimo nei moti insurrezionali del 1837, pagandone le conseguenze nel 1849 con il ritorno del governo reale restaurato, quando numerosi cittadini furono condannati alle fosse di Favignana. Un notevole contributo fu dato anche per la causa dell'Unità d'Italia, come testimoniato nelle pubblicazioni dell'epoca.

Peculiarità: Particolarmente suggestiva la festa dei SS. Alfio Filadelfo e Cirino, che si svolge ogni anno a Trecastagni, il 10 maggio, presso l'omonimo Santuario, una costruzione in pietra lavica, posta nella periferia del paese, risalente al XVI secolo, ma completamente ricostruita tra il 1650 e il 1662. La tradizione religiosa intende celebrare i tre giovani martiri cristiani Alfio Filadelfo e Cirino, che sacrificarono la loro giovane vita testimoniando l'ardente fede in Cristo.