Adagiato in uno dei punti più suggestivi dei monti Erei, il comune di San Michele di Ganzaria si estende all'estremo confine della provincia di Catania. Si ritiene che l'abitato originario risalga all'anno 1000 d.C., quando i saraceni occuparono la Sicilia. Il centro abitato fu dunque quasi sicuramente fondato in periodo arabo, come attesterebbe il nome stesso "Hianzaryah", che in arabo significa "luogo boschivo-acquitrinoso pieno di cinghiali". Durante questo periodo il paese esisteva con una propria autonomia amministrativa,.

Per quanto riguarda il periodo successivo non vi sono informazioni certe, ma la presenza dei Normanni sembra attestata dal nome di "Tempio dei Francesi" (R. Pirro, Sicilia sacra, 1733) che l'attuale chiesa Madre, da loro costruita, conservò per molto tempo.

Del periodo Angioino (1268-1282) non rimangono significative tracce, se non una serie di leggende tese a sottolineare le violenze legate a tale dominazione. La dominazione Aragonese portò ad un miglioramento delle condizioni di vita nel casale. Fu durante questa fase che il paese passò, per diritto di successione, ai "Signori di Gravina". Sotto la loro signoria l'abitato assunse la denominazione attuale, infatti il barone Michele Gravina decise di anteporre al nome di Ganzaria quello di S. Michele, in onore all'Arcangelo, eletto successivamente Patrono del Paese. Nel 1503 i Principi Gravina edificarono un imponente castello a cavaliere della collina del Carmelo, i cui ruderi sono ancora oggi visibili.

Il 25 settembre 1534, per iniziativa del barone Antonio Gravina, il territorio del casale fu concesso ad una colonia di profughi greco-albanesi, i quali dovevano ottemperare alle condizioni stabilite in degli accordi scritti e bilaterali,"capitoli di fondazione", che costituirono l'atto di nascita del nuovo casale. La colonia greco-albanese si estinse intorno al sec. XVIII, soprattutto a causa della lontananza dagli altri casali della stessa origine.

Nel 1812-13, con la nuova costituzione che aboliva il feudalesimo, il casale assunse la configurazione di comune autonomo.