Nel territorio sussistono avanzi greco-romani. Citato nell'antichità come Joannes de Puncta, fu a lungo dipendente dal comune di Catania. Appartenne ai Conti di Massa, Duchi di Acicastello, i quali nel 1646 l'ottennero con altri casali dai consultori del regio erario.

San Giovanni La Punta oggi:
Oggi San Giovanni la Punta, data la vicinanza con Catania, gravita economicamente su di essa. Vi sono piccole fabbriche di materiali da costruzione, di bevande e aziende per la lavorazione di prodotti agricoli e zootecnici. Notevolissimo è il pendolarismo con Catania.
 

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