Le origini del borgo si pongono in tempi normanni, ma il suo nome deriva da Palica, antica città fondata da Ducezio presso il lago Naftia, attorno al tempio degli dei Palici (V secolo a.C.). Palica fu capitale dello stato siculo, ma la sua gloria di baluardo contro l'espansione ellenica ebbe breve durata; nel 453 a.C. Ducezio fu sconfitto dai Siracusani e la colonizzazione greca ebbe il sopravvento. In epoca romana il tempio dei Palici divenne rifugio e roccaforte degli schiavi ribelli al potere soverchiante di Roma (II secolo a.C.). Il territorio fu abitato sin dall'alto medioevo da una consistente comunità cristiana: le grotte ed i rifugi di cui è ricca la zona testimoniano un popoloso insediamento di religiosi nei pressi del centro abitato. Nel 1093, sotto i Normanni, il territorio ed il casale di Palagonia vennero concessi dal Gran Conte Ruggero al Vescovo di Siracusa. Successivamente appartenne a numerosi signori locali, prima di passare a Ruggero di Lauria, ammiraglio di Pietro I di Sicilia, e a Blasco Alagona. Pervenuto per successione a Ruggero Passaneto nel 1320, il borgo fu quindi concesso a Filippo Ventimiglia. Re Martino investì della signoria di Palagonia, nel 1392, Berengario Cruillà e, in seguito, Ubertino de Grua e Calcerando Samminiato. Nel 1407 il feudo fu ceduto a Giacomo Gravina, alla cui discendenza Palagonia rimase per secoli. Nel 1626, con reale privilegio di Filippo IV, a Ludovico Gravina fu concesso il titolo di Principe di Palagonia. Nel 1854 morì a Palermo l'ultimo discendente dei Gravina, Francesco Paolo, il quale, privo di legittimi eredi lasciò il feudo all'ospedale civico di Palermo "Fatebenefratelli", che lo amministrò servendosi di pochi ed avidi gabelloti del luogo. Per Palagonia fu un lungo periodo di lotte sociali, culminate nella sollevazione popolare del 1902, che terminò soltanto nel 1923, anno in cui si arrivò alla stipula del contratto definitivo di cessione delle terre direttamente ai contadini.

Palagonia oggi:
Oggi Palagonia vive soprattutto di redditi agricoli. Vi operano piccole fabbriche di laterizi, aziende esportatrici di prodotti ortofrutticoli e piccole industrie alimentari.

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