Il paese, che prende il nome dall'omonimo monastero benedettino risalente al XII secolo, sembra sia stato costruito nei luoghi dove, in etą preistorica, i Sicani vi edificarono la cittą di Inessa e successivamente, nel 461 a.C., Ierone I, tiranno di Siracusa, vi fece trasferire gli abitanti di Katane (Catania). Tale area infatti rappresentņ una meta ambita per molti popoli come i normanni, gli arabi, i siculi, i greci, i bizantini e i romani, come testimoniano i molteplici reperti archeologici ivi rinvenuti. Zone di grande interesse archeologico sono: Pietra Pirciaria, Luppino, Poggio dell'Aquila, Mancuso, Mendorlito e Montalto Civita.

L'odierna Santa Maria di Licodia nacque nell'agosto 1143, quando Simone del Vasto, conte di Policastro, affidņ il cenobio e la chiesa dedicata alla Vergine Maria di Licodia a Geremia, un monaco benedettino della chiesa di Sant'Agata, attribuendo ai monaci il compito di edificare un casale. Nel 1205 il monastero fu elevato ad abbazia dal vescovo catanese Ruggero Oco, che nominņ Fra Pietro Celio primo abate, riedificando cosģ il centro con il nome del Monastero "Santa Maria", e aggiungendo "Licodia", dalla condrata su cui ricade.

La dominazione sveva in Sicilia cominciņ con Enrico VI, nel 1194, e si concluse, nel 1266, con il re Manfredi. Duranta il regno di Federico II, che frenņ i poteri del vescovo-barone e ne stabilģ i limiti, l'abbazia ampliņ i suoi possedimenti a Paternņ, Butera e Malta.

Nei primi decenni del XVII secolo il complesso abbaziale subģ profonde modifiche, che declassarono il monastero medievale.

Nel 1817, in seguito alla riforma del Feudo, Licodia perdette la sua autonomia e venne aggregata amministrativamente a Paternņ. Nel 1841, e durante il Regno delle due Sicilie, il villaggio licodiese, ridivenne autonomo grazie ad un decreto di Ferdinando II. Gli abitanti del luogo furono degli abili coltivatori,seppero valorizzare il territorio e trasformare le colture da estensive ad intensive, conosciute oggi come coltivazioni del "sanguinello" e del "moscato".