Nonostante numerose tracce di insediamenti umani preistorici, documenti storici fanno risalire l'origine del paese al 1263, quando il Conte di Mineo Manfredi Maletta costruì il castello sulla collinetta rocciosa denominata Rocca del Fano.

Nello stesso periodo ai piedi della rocca sorgevano le prime case costruite dai contadini e dai soldati al servizio del Conte, in quella che oggi è conosciuta come Via Ospizio e che rappresenta quindi il nucleo originario del centro abitato.

Nel 1386 il paese passò sotto la signoria dei Baroni Spatafora che vi restarono fino al 1812 e furono i principali artefici dello sviluppo di Maletto. Il paese ha mantenuto la sua originaria struttura medievale fino agli inizi del 1960.